北宋初年以来直至清朝，吴屯乡称为新丰乡（俗称北路）。以后彭、翁、吴、陈、岳五大姓各据一村，各村以姓氏命名，即：彭屯、翁屯（闽王王审知的丞相翁承赞晚年曾定居于此）、吴屯、陈屯和岳屯。吴姓居官显赫，遂称吴屯。宋时，乡人彭路、翁德舆中特科状元。历代该乡中进士者24人。民国24年，吴屯属第六区，区公所驻大浑。民国25年为第二区）公所驻地。中华人民共和国成立后，吴屯设第五区公所。1955年10月，第六区岚谷并入吴屯。1958年改制为幸福人民公社，1961年6月，分设成吴屯、岚谷两个人民公社。1984年改为吴屯乡。全乡总面积245．14平方公里，其中山地212．70平方公里，占86．77％；耕地23．99平方公里，占9.28％；村庄、道路2．04平方公里，占0．8％；水域3.17平方公里，占1．51％；其它2．7平方公里，占1．1％，全乡辖17个行政村、179个村民小组、 198个自然村。农业以粮食生产为主。特产有香菇、笋干、草纸、顺太纸等。
文教卫生事业发展较快，全乡有中学1所，小学73所，有乡文化中心站和中心卫生院各1所。
吴屯乡是老革命根据地之一。中华人民共和国成立后，加强老区建设，改变了交通闭塞的旧貌。现在上村、小浑、大浑、岭根、红园等老区基点村都己通公路。
